巧克力囊肿一般不可以自己吸收消失。因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的表现，是子宫内膜异位到卵巢引起的巧克力囊肿，因为囊肿里边全是血液，而且它会随月经周期每次都会有出血的发生，所以很难会自行吸收。
所以建议巧克力囊肿需要每半年做一次超声波检测，如果巧克力囊肿持续增大或者是阴道有不规则出血、腹痛现象，这种情况可以选择手术治疗。
如果是未孕女性出现巧克力囊肿不大，也没有明显不适，可以观察，先不要做手术，因为一旦做手术就有可能会伤害到卵巢皮质层，减少卵泡发育。