对于有巧克力囊肿的女性，一般囊肿在超过5厘米的时候，就要考虑要进行手术切除。
这是因为巧克力囊肿过大，容易在同房或者是剧烈运动的时候出现巧克力囊肿的破裂，从而引起整个腹腔都有异位的子宫内膜组织，这时可能就会导致月经期间出现严重痛经的表现，而且可能没有任何办法能够将其彻底治愈。
哪怕是进行手术将异位灶切除，都可能会再次反复发作，所以在巧克力囊肿没有破裂之前，可以做腹腔镜微创手术将巧克力囊肿切除，手术以后需要肌注曲普瑞林药物来避免复发。