针灸埋线减肥的副作用主要表现在三个方面：一、针具消毒不严格。二、施针者本身存在一定的问题。三、埋线方位把握不太好，可能会出现凹陷或神经的损伤。
具体介绍如下：埋线减肥的钢针和羊肠线，国外以当做一次性用品使用，但国内也提倡一次性使用，至少做到一人一针，使用后用高压消毒。但一些比较小的医院只是用酒精浸泡，没有彻底消毒，尤其是对乙肝、丙肝等病毒丝毫不起作用。
再则就是施针者专没有经过专业的训练，对人体的解剖穴位不是太熟悉，会对人体造成一定的损伤。另外就是施针者没有相应的资质，技术不过硬。