肛窦炎和肛管炎之间是有区别的。肛窦炎和肛管炎都是由于细菌感染引起的，但是它们的发病部位不同。
肛管炎发生于离肛门的部位较近，通常与直肠炎并存，是粪便的刺激与不良排便习惯所导致的。如果长期腹泻或者便秘，会导致肛管部位出现炎症而引起肛管炎。肛窦炎主要是肛窦部位出现发炎，肛窦在肛门齿线部位的肛隐窝处，肛窦部位出现有分泌物流到肛腺以及肛腺导管，又可以诱发肛管炎。
做肛门镜检查就可以区分这两者，肛管炎和肛窦炎都可以通过口服抗生素，局部用中药坐浴治疗。