膀胱炎反复发作往往是因膀胱及会阴部组织器官有局部的病变，当女性出现尿道口解剖异常时，可以出现膀胱排出的尿液受阻挡，从而引起尿道膀胱反流，使细菌逆行进入膀胱，从而引起膀胱炎。
男性有前列腺及下尿路的梗阻疾病时，会导致排尿不畅，从而出现从而，当有神经系统病变时，如脊柱损伤、脑血管意外，可以引起神经源性膀胱，导致尿潴留等症状，会出现膀胱炎。
此外女性患者有妇科疾病，如阴道炎、宫颈炎、盆腔炎等，因尿道和阴道距离较短，容易引起逆行感染，导致膀胱炎。