月经推迟三天，小腹隐隐作痛，有可能是以下原因导致的：
第一，可能要来月经，盆腔处于充血状态，才会出现小腹部隐隐作痛不舒服的感觉。
第二，有可能是因为怀孕以后导致的先兆流产，会使小腹部隐隐作痛。主要是子宫平滑肌出现了收缩，建议及时去医院做尿HCG的化验检查，或者血HCG化验检查，根据结果再给予相应的用药治疗。
第三，有可能是宫外孕所引起的。当宫外孕的情况下会导致输卵管局部出现增粗，会导致小腹部隐隐作痛。建议通过B超、监测血HCG可以做出初步诊断，然后临床上尽快地给予处理。