乳头凹陷疼痛的治疗措施，需要结合病因制定。
由于乳头皮下组织受到病菌感染，导致乳头周围组织炎性水肿、乳头相对呈凹陷状态。可口服头孢克肟等药物治疗，乳头局部可用硫酸镁湿敷，感染得到控制炎性水肿消散，凹陷的乳头即可逐渐外露，疼痛感也可自行消失。
乳腺钼靶、病理学检查，提示乳腺内肿瘤细胞侵蚀悬韧带相关组织以及神经，导致的乳头凹陷、疼痛，需要在限定时间内手术方式切除肿瘤病变。并且在术后给予药物化疗、中医中药等治疗措施。