婴儿肠套叠的治疗方法主要有两种即手术治疗和非手术治疗。具体的治疗方案，要分情况决定。
如果婴儿的肠套叠开始的48小时内，婴儿的身体状况良好，没有出现腹胀、腹膜刺激等临床表现，可以在医生的指导下采用非手术治疗的手段，进行空气或者是钡剂灌肠复位。
但如果小儿发病超过了48小时，并且身体状况较差，出现了脱水、高热、精神状态不佳甚至休克等症状，或者是灌肠复位失败时，此时应该及时地进行手术治疗。肠套叠是儿童外科常见疾病之一，主要是小儿的肠管柔弱相互重叠而导致。