新生儿获得性免疫缺陷综合征多数出生时没有明显症状，少数会有难以治愈的鹅口疮或者淋巴结肿大、肝脾肿大。大约90%的患儿是通过产道、胎盘、母乳垂直传播给婴儿。
母婴水平传播和医源性传播也可见，主要有CD4T淋巴细胞减少，早期表现症状可以有喂养困难、体重不增、腹泻、低热等表现。可以出现急性感染或者机会感染，可出现鹅口疮且比较难治愈、间质性肺炎、反复感染、小头畸形。典型表现有对称性淋巴结肿大、肝脾肿大、红色或者暗红色皮肤丘疹或者红斑。
所以儿保检查发现体重增长减慢，并且有反复的感染或者真菌感染难以治愈，这种情况需要考虑到此病的筛查。