龟头起了疙瘩，应当先明确疙瘩的性质，再进行针对性治疗。
如果龟头上疙瘩为阴茎珍珠状丘疹，大多不需要进行治疗，也不会对生殖系统造成不良影响。如果是细菌感染所导致的龟头部位起疙瘩，可能是存在包皮龟头炎，应当外用抗生素类的药物治疗，比如红霉素软膏。
当存在真菌感染时，应当外用克霉唑软膏进行治疗。在真菌感染较严重时，还可配合口服药物治疗，比如伊曲康唑。如果男性存在不洁的性生活，感染上了尖锐湿疣，也会使龟头上起小疙瘩，应进行抗病毒治疗。