肛门流脓一般要挂肛肠科。肛门出现了流脓的情况，首先考虑发生了肛门周围脓肿，或者是有直肠黏膜下脓肿破溃所引起，或者是有肛瘘的存在，肛瘘的外口会反复流脓和流水。
还需要排除是不是由于一些炎症性的肠病所引起，比如存在溃疡性的直肠炎。还需要排除是不是有肠道内的息肉，或者是肿瘤的生长，也可以导致肛门流脓的表现。
在发生肛门流脓以后，可以到肛肠科通过肛门局部的望诊、肛门指检、肛门镜的检查进行诊断，必要时可以进行电子纤维结肠镜的检查。在诊断明确以后，如果是由于肛门周围脓肿等感染性的疾病所引起，一般需要通过手术进行治疗。