肛周囊肿的治疗方法，主要就是包括药物的保守治疗，或者是麻醉的状态下做切除的治疗。还有一部分肛周囊肿在平时没有任何不适的感觉，也可以先观察为主。
肛周囊肿是属于表皮样的囊肿，早期的时候生长缓慢，主要就是由于外伤等因素所引起。发生肛周的囊肿，在早期主要就是观察为主，尽量保持局部的清洁，减少外来因素的影响，减少触碰等刺激性的行为。
如果肛周囊肿出现感染的情况，可以使用抗生素药物进行对症治疗。对于有脓液形成，可以做切开引流的治疗。另外，肛周囊肿如果快速生长，短期内体积迅速的增加，可以在麻醉的状态下做切除的治疗。