肾结核的治疗主要包括两个方面：
第一，保守治疗。保守治疗主要以抗结核的药物为主，抗结核的药物要根据患者的病情而定，早期要给予多种药物联合口服，在病情稳定之后给予抗结核药物维持口服，抗结核治疗要彻底，否则会导致病情反复发作，肾脏引起肾功能衰竭。结核的治疗疗程比较长，往往需要半年以上的时间。
第二，手术治疗。手术治疗首先要在有效的抗结核的基础上进行，要严格掌握手术的适应症，对于孤立的局限的肾结核可以采用手术治疗。
如果患者是弥漫性的肾结核，只能采用保守的治疗方法。