异位胰腺一般没有明显的症状，如果异位胰腺产生对人体有危害的一些症状，和生长的位置以及大小有一定的关系。
如果生长的位置是胃、十二指肠，或者空肠这一段，体积比较大就有可能会压迫胃肠道，从而引起消化道梗阻的症状。比如恶心、呕吐，严重的会出现肛门停止排气、排便。比较少见的情况是会侵犯胃肠道的黏膜层，会引起消化道穿孔以及出血等。在儿童的胃肠道中如果出现异位胰腺，还会引起肠套叠。
此外，异位的胰腺还会出现一些正常胰腺可能出现的病变，比如急性胰腺炎、胰腺囊性变等，还有极其罕见的胰腺癌。