甲状舌管囊肿是一种先天性、发育性囊肿，源于甲状舌管的残余上皮，由于胚胎时期甲状腺形成的过程中，甲状舌管退化不全，遗留在颈深部组织内，而管腔内上皮细胞不断的产生分泌物积聚而形成的。
囊肿一般在颈前正中线，舌骨的下方，多为圆形、表面光滑、边界清楚、无压痛、随吞咽上下移动。囊肿可通过舌盲孔与口腔相通，而容易继发感染。当囊肿继发感染的时候，可以出现疼痛，吞咽的时候比较明显，颈部检查可以看到囊肿表面皮肤发红，界限不清，当囊肿自行破溃，或经皮肤切开引流的时候可形成甲状舌管瘘。甲状舌管瘘的瘘口比较小，长期流出淡黄色的粘液或脓性粘液，当瘘口被堵塞的时候，可以导致瘘管的急性炎症发作。