肾结石的危害，常因肾结石大小、病程长短等因素有关。肾结石可导致泌尿系统感染、肾脏积水、肾功能损害等并发症的发生。
无论肾结石大小和数量多少，均常伴随有泌尿系统感染，且易反复发作。肾结石在排除过程中可能会嵌顿在输尿管，当完全堵塞输尿管且未及时解除尿路梗阻时，则可能会引起肾脏积水的发生。较多、较大的肾结石可压迫肾盏，影响肾脏血流。如未能及时治疗，病情可进一步加重，甚至出现肾单位坏死、功能丧失，从而出现肾功能损害。病情严重者甚至可导致尿毒症的发生。
故而，当有肾脏结石时，需要及时到泌尿外科就诊，完善泌尿系统彩超及尿常规等检查，评估病情，及时治疗，避免病情加重，引起严重并发症。