在临床上，治疗由支原体感染造成的尿道炎，通常选用以下的治疗方案。
第一，一般治疗，要求患者在治疗期间，戒酒，禁止过多食用辛辣刺性的食物。
同时处理污染过的生活用品，衣物，内裤等。
第二，药物治疗：1、四环素类，代表性的药物有多西环素、米诺环素、盐酸四环素，2、大环内酯类的药物，代表药物有红霉素，阿奇霉素、罗红霉素，克拉霉素等3、喹诺酮类的药物，代表药物有左氧氟沙星、环丙沙星、加替沙星。治疗周期为7到14天。治疗结束后，要随访复查，至少复查2到3次，支原体阴性算临床治愈。