女性激素六项检查的时间与检查的目的有一定的相关性，不同的疾病检查的时间是不一样的。
如果是女性出现月经不调，想要了解卵巢的功能情况，可以在月经来潮的第2-4天去医院抽血检查性激素六项。如果是想要了解黄体的功能，判断是否排卵，可以在月经周期的第22-23天之后抽血来检查孕酮。如果出现闭经的情况，不能确定月经周期是哪一天，可以在任何时候进行检查性激素六项。
一般在检查性激素六项的前一个月，最好不要应用含有激素类的任何药物。