鳃裂囊肿不治疗会导致病情加重，提高治疗难度。
该病变是一种先天性发育异常的病变情况，受病变的影响患者可能出现腮腺区域，或者颈部区域大小不定的包块，主要由于该病变多出现感染情况。部分患者还可能形成瘘管，出现病变部位反复肿胀、疼痛、流脓等症状，严重影响患者生活和工作。并且，如果不早期治疗，病变范围逐步扩大，会提高治疗难度。
因此，在患者出现临床症状后及早就医，通过B超等项目检查，能够分析确诊病情。及早手术治疗，从而避免病变继续发展。如果患者处于病变急性期，需要先进行抗生素药物抗炎治疗。病情平稳后，再手术切除病变组织。