耳朵穿孔流脓可能是中耳炎引起鼓膜穿孔导致的。先要对耳道进行清洁，再给予抗感染治疗。
如果耳朵穿孔流出脓性分泌物，需要取分泌物做细菌培养，加药敏试验检查，应用双氧水将脓性分泌物清理干净。根据药敏应用敏感的抗生素抗炎治疗，局部可以应用抗生素类的滴耳液控制炎症，促进炎症消退后，鼓膜逐渐修复，改善流脓的现象。
对于经过药物治疗后，耳朵穿孔流脓仍然不能缓解的，要进行颞骨高分辨CT以及耳内镜等检查，排除中耳腔内的肉芽或胆脂瘤，必要时要进行手术治疗。
在日常生活中，对耳膜穿孔的病人要保持外耳道的清洁、干燥，防止感染后出现流脓的症状。