原发性肺动脉高压和继发性肺动脉高压区别的关键，在于发病原因是否明确。
原发性肺动脉高压的发生往往没有明确的发病原因，其出现可能和免疫因素以及病毒感染有关系。而继发性肺动脉高压的发病原因明确，比如慢性阻塞性肺疾病，随着疾病加重，会引起继发性肺动脉高压发生。严重的器质性心脏病，比如二尖瓣狭窄，也会引起继发性肺动脉高压发生。
从治疗方面，原发性肺动脉高压只能药物治疗控制，延缓肺动脉高压。而继发性肺动脉高压如果及时纠正病因，比如二尖瓣狭窄进行瓣膜置换，这种继发性肺动脉高压可以有效预防。