直肠脱垂伴肛门肿痛，首先可以先使用镇静止痛类的药物，减缓因直肠脱垂伴肛门肿痛的临床症状，然后可以通过硬化剂注射手术，或者肛门手术进行治疗。
一般如果是不完全的直肠脱垂，可以使用酸性氧化物类的硬化剂进行治疗。如果是完全的直肠脱垂，则需要通过肛门手术将直肠回纳到肛门内，从而减轻因直肠脱垂导致的肛门疼痛的临床症状。
如果直肠不能完全回纳到肛门内，则有可能导致感染，引起各种并发症。另外，手术后应及时服药辅助治疗，饮食要清淡和避免进行久坐。