长智齿出现牙疼主要是智齿萌出的空间不够，导致出现异位以及阻生造成。
智齿是人类最晚萌出的磨牙，主要是用来咀嚼粗糙以及过硬食物，在远古人类进食时发挥了很大的作用。智齿是长在颌骨中，随着人类的不断进化颌骨也发生了退化，但是部分人类的牙齿数目并没有发生变化。
因此，随着颌骨的变小加之智齿又是最晚萌出的牙齿，因而常常会出现智齿萌出空间不足的情况。当智齿无法正常萌出后，智齿就会出现异位以及阻生的情况进而会出现牙疼。