日本便秘丸有一定副作用。
经常服用日本便秘丸会导致引起肠道内的黑变病，因为大便黑色素在肠道内沉积，做肠镜等相关检查时可发现肠道黏膜发黑，肠道内的黑变病时间长了则会发展成肠道癌症。同时，长期服用日本便秘丸还易产生依赖性，导致加重便秘症状，不能自动排便。
因此，不建议患有便秘的患者长期服用此药。日常生活习惯应注意调整，改变不良的生活饮食习惯，多饮水，多吃新鲜的蔬菜和水果，多食富含膳食纤维的食物，可以起到润肠通便的作用。