三叉神经痛手术后还有可能会出现疼痛的情况。三叉神经手术后疼痛依然存在的原因需要具体分析，可能每一个患者遇到的情况不一样。
因为三叉神经分为三支，每一支所管的区域不一样。眼支主要分布在前额部位，第二次主要分布在上颌部位，第三次分布在下颌部位，每一区域的疼痛相对应三叉神经受累的手术方法也不一样。
但是即使做了三叉神经的显微血管减压手术，仍然有5%左右的患者术后仍然存在疼痛。这是因为压迫解除之后，神经的脱髓鞘改变不能够及时恢复。