要想确诊肛周脓肿，需要进行肛周视诊、肛门指检及肛门镜检查，实验室检查要进行血常规及C反应蛋白检查，影像学方面要进行肛周彩超、磁共振等检查。
因为肛周脓肿是发生在肛门周围的感染性疾病，如果距离肛门皮肤很近，用肉眼就可看到肛缘皮肤出现红肿的症状，触诊时可摸到肛门周围有炎性质硬的包块，肛门镜检查时可发现对应部位的肛隐窝处粘膜发红了。
如果炎症非常严重白细胞及C反应蛋白都会升高，肛周彩超及磁共振都可发现肛门周围有异常改变，通过这些检查会确诊患了肛周脓肿。