首先二者的原因不同，外生骨疣虽然原因并不是十分明确，但是一般考虑是由于骨的干骺端出现了异常生长，以及生长缺陷导致的一种骨的良性肿瘤。骨质增生是由于负重部位，或者关节周围产生损伤劳损，或者骨质的退变，导致骨质过度生长。
二者的好发年龄也不同，外生骨疣常见于20岁以内的儿童和青少年。骨质增生常见于中老年患者。
另外发作的部位也不同，外生骨疣主要是见于骨的干骺端，比如膝关节周围。骨质增生常见于负重的部位、关节周围、脊柱等。
再有外生骨疣一般不会产生明显的症状，少部分患者会有疼痛，以及局部的压迫症状。骨质增生常常会导致负重部位的疼痛、关节的活动功能障碍等症状。