直肠瘘的发病原因主要有以下几点：
1.感染。直肠肛管周围出现化脓性感染时，感染向直肠腔内破溃，会导致直肠瘘。特别是女性，如果在直肠前壁出现黏膜下脓肿时，有可能在脓肿破溃后引发直肠阴道瘘。
2.外伤。直肠周围组织受到严重损伤时，穿透肠壁有可能导致损伤处出现感染，从而引发直肠瘘。女性在分娩时撕裂会阴部，也会导致直肠瘘。
3.恶性肿瘤。直肠恶性肿瘤以及肛管局部的恶性肿瘤，均有可能引发直肠瘘。
4.医源性因素。肛门部以及直肠部位的手术，有可能造成术后感染，或者因术中损伤而导致直肠瘘。