切除扁桃体危害主要是容易引起咽炎或致咽炎加重，但没有特别明显的危害。
在八岁之内扁桃体能够起到一定的免疫作用，因此切除扁桃体可能会对免疫系统造成一些轻微的影响，但是并没有太大的影响。另外，在切除扁桃体之后，其他的淋巴组织会代偿扁桃体功能出现增生，因此容易会引起咽炎或者是导致咽炎病情更加严重。
另外，部分患者在做完扁桃体切除之后，双侧的扁桃体表面会形成比较明显的瘢痕，甚至可能会感觉到咽部有紧绷的感觉。