对于任何疾病只要发展到慢性阶段，治疗会有一定的难度，所以对于慢性肾盂肾炎患者，因为该病的诱因较多，一些尿路畸形、尿路结石或者尿路的肿瘤都可以诱发该病。
所以一定要积极寻找引起患者反复感染的原因和诱因，只有针对这些原因和诱因进行治疗，患者才可能有比较好的治疗效果。在临床上在去除该病诱因的基础上，再使用抗菌药物治疗，最少治疗6周以上。
但患者在日常生活中，一定要注意避免感染，防止慢性肾盂肾炎的反复发作。如果患者经常反复发作，导致肾脏组织发生病变，这时候治疗就会更加困难。