临床上在有些情况下，即使癌胚抗原正常，还是要做肠镜检查的。
这是因为癌胚抗原只是血液中肿瘤指标的检查，这项检查对于癌症病变并没有确诊的价值，并且这项指标也并非100%准确。而肠镜的检查则可以直观的看到肠内的异常病灶，并且能够对可疑的病变组织进行穿刺活检。穿刺活检标本的病理结果，就可以对肠道的一些恶性肿瘤疾病进行确诊。
而临床上，很多肠癌早期症状并不典型。如果反复出现肠道症状，高度怀疑肠道疾病，即使癌胚抗原是正常的，仍然要通过做肠镜检查来排除或者是确诊肠道恶性疾病。