黄体酮不会打乱月经。黄体酮在临床的应用主要用于妊娠期的保胎、停经的病人以及功能失调性的子宫出血的病人。
对于先兆流产或者是先兆早产的保胎治疗，天然黄体酮是有一定的作用的。另外对于停经的病人，如果月经超过以往月经周期的10天以上，排除怀孕以后。如果由于雌激素的作用使子宫内膜增厚，但是由于没有排卵，没有孕酮的拮抗作用，因此不会出现月经来潮。这个时候可以通过黄体酮口服或者是肌注，促使子宫内膜由增生期转化为分泌期。当停药之后药物撤退，引起子宫内膜的脱落出血，这种情况可以促使月经来潮。
另外对于功能失调性的子宫出血，由于月经的异常、子宫内膜的增厚，或者是出现点滴的出血。一般可以给予黄体酮，促进子宫内膜转化，避免发生子宫内膜增生和子宫内膜癌。因此黄体酮是对于月经有一个调节的作用。