二糖酶缺乏症又称双糖不耐受症，是指各种先天性或后天性疾病使小肠黏膜刷状缘双糖酶缺乏，使双糖的消化、吸收发生障碍，进食含有双糖的食物时发生的一系列症状和体征。
分为原发性和继发性双糖酶缺乏症，其中包括乳糖酶、蔗糖酶、麦芽糖酶、海藻糖酶等缺乏，以乳糖酶缺乏症最为常见。常见并发症有尿布疹、呕吐、生长发育迟缓、导致小儿难治愈的慢性腹泻、造成宝宝缺钙、缺锌、缺铁和贫血等症状等。严重的时候，诱发的并发症会危及患儿的生命。
成人二糖酶缺乏症会引起腹泻，一般不会导致较为严重的并发症发生。