导致肛门疼痛的原因有很多，分析如下：
一、内痔脱出肛门外，发生嵌顿导致局部组织水肿，疼痛剧烈，这属于痔的急症，称为嵌顿痔，应及时给予消肿止痛治疗。
二、外痔发生血栓及炎症时也可导致剧烈疼痛，可行血栓剥离术或口服消炎药物治疗。
三、如果有肛隐窝炎或者是肛腺感染导致肛周脓肿，患者除了感觉到肛门疼痛外，还可在肛门旁边触及到肿物，症状严重者还可伴随发热症状。肛周脓肿未及时治疗或治疗不彻底，形成肛瘘后也可导致患者疼痛。
四、肛裂可导致患者在排便时感到疼痛，陈旧性肛裂形成的周期性疼痛比较严重，应及时切除肛裂，以防导致患者出现便秘等后果。