生化妊娠流产的原因，最常见的是因为受精卵本身染色体结构或者数目发育异常，而导致受精卵没有着床，可能就停止发育而出现流产。
另外的原因可能因为孕妇患有全身性疾病，比如严重的感染、高热疾病、严重贫血、慢性消耗性疾病、慢性肝肾疾病或高血压等；也有的是因为孕妇有生殖器官异常，比如子宫畸形、子宫内膜发育不良以及粘膜下子宫肌瘤等；还有一些是因为女性黄体功能不全以及甲状腺功能减退等。
另外，孕妇在怀孕期间接触不良的刺激，包括放射线、有毒的化学物质，以及长期心理过度紧张、焦虑、恐惧，都可以导致发生生化妊娠流产。