手足口第二针后发烧，存在多种可能性。
首先，在患者进行第一针手足口病疫苗注射后，身体当中已形成针对病毒的免疫性抗体。在第二针注射后，会在短时间内诱发免疫应答，从而出现发热。
其次，如果手足口病第二针所使用的疫苗与第一针所使用的疫苗不是同一厂家所生产，存在由于其生产过程中所添加的稳定材料不同，而诱发疫苗注射后过敏反应的可能，从而出现发热症状。
最后，有可能是注射完手足口病第2针后，合并其他发热性疾病，如感冒。