核磁共振是应用磁场成像，并没有放射性，所以对人体的正常组织没有任何的损伤，应用的安全性比较高。目前为止，没有任何关于使用核磁引发危害的报道，也没有发现核磁检查会导致患者染色体畸形等的报道。
核磁检查对于患者的影响，是因为在检查过程中，检查室内噪音比较大，但是也能够在人体承受的范围之内。对于有幽闭恐惧症、躁狂症的患者不适合做这项检查。如果必须要做，在检查前患者应当对这项检查有充分的了解，避免在检查过程中产生恐惧的心理。
另外，在检查前必须要将钥匙、硬币、轮椅、推床等金属类的物体放在检查室外，否则会造成对患者身体的损伤，以及对仪器的损害。