手足口病成世界分布，一年四季均可以发生，在冬季的感染比较少见，一般以夏秋季节明显，五到七月有一明显的感染高峰。
手足口病的主要途径是经粪口的消化道途径传播，感染的肠道病毒种类众多，传播途径复杂多样，传播速度迅速，控制难度很大。因此，在手足口病的流行期间，常常可以发生幼儿园、托儿所的集体感染以及疾病出现家庭聚集现象。
有时手足口病可以在短时间内造成疾病大范围的流行，手足口病的传染性很强，患者和病毒携带者的粪便、呼吸道分泌物以及患者的黏膜疱液中均含有大量的病毒，接触尤其污染的手和日常用具可以引起感染。