病毒性心肌炎应该和风湿性心肌炎和心内膜弹力增生疾病相鉴别，在考虑病毒性心肌炎的同时，应该排除β受体功能亢进，甲状腺功能亢进，二尖瓣脱垂综合征，以及影响心肌的其他因素，比如冠心病，结缔组织疾病，代谢性疾病，科生病，药物以及毒物所致的心脏损伤，病毒性心肌炎没有特异性的鉴别。 主要治疗方针就是根据对于病毒感染和心肌炎症进行治疗，还应该尽早地卧床休息，减轻心脏的负荷，吃一些容易消化吸收的食物和富含蛋白质的食物。
病毒性心肌炎应该和风湿性心肌炎相鉴别。 因为风湿性心肌炎是风湿中重要表现之一，其发病与链球菌的感染有关系，因此风湿性心肌炎的患者，发病前多有链球菌感染的病史。
病毒性心肌炎也应该和心内膜弹力增生相鉴别，心内膜弹力增生纤维症，主要是心内膜弹力纤维增厚，病变可累及瓣膜下，所以引发的炎症。