扁桃体脓肿可能会引起上呼吸道梗阻。因为当出现扁桃体脓肿时，咽喉部会被堵塞，所以会引起上呼吸道梗阻的情况，患者咽喉部会明显疼痛，而且可能会伴随着呼吸困难或者吞咽困难。
扁桃体脓肿一般都是比较严重，如果单纯靠口服抗生素药物或注射抗生素药物效果并不是很好，必须将脓肿穿刺引流之后，再使用敏感抗生素药物治疗，才能够起到比较好的疗效。
另外，扁桃体脓肿很有可能会反复发作，一般都是继发于急性扁桃体炎或慢性扁桃体炎急性发作，若有必要可将扁桃体切除，避免反复发作。