女性生殖道的衣原体感染多发生在性活跃的人群，一般潜伏期在1到3周，它的临床特点是没有症状，或者症状较轻微，病人不易察觉，病程迁延，常常会并发上生殖道的感染。甚至到衣原体的感染，由于感染的部位不同，临床表现是不一样的。
以宫颈粘膜炎为常见，主要表现为阴道分泌物的增加，呈黏液脓性，在性交后出血或者出现经间期出血，常常伴有尿道炎。如果有尿道炎，会出现排尿困难、尿急、尿频的症状。
检查可以看到宫颈管粘液有脓性分泌物、宫颈红肿、粘膜的脆性增加。如果宫颈粘膜炎没有及时诊治，可以引起上行感染。大约有30%到40%的宫颈炎，宫颈管的炎症会发生子宫内膜炎，8%到10%的宫颈管炎可以发生输卵管炎等等。盆腔的炎症疾病表现为下腹痛、低热等等的症状。由于输卵管的炎症粘连和瘢痕的形成，衣原体感染的远期后果，往往会导致不孕或者是宫外孕。