脐尿管囊肿的患者脐尿管两端闭合，中间残存，所以对于脐尿管囊肿患者的治疗主要是以手术治疗为主。
药物治疗往往只是针对其产生的并发症所作出的对症治疗，如果其内的囊液未发生感染，脐尿管囊肿一般没有症状，也无需服药治疗，如果囊肿内囊液并发感染，需应用抗生素抗感染治疗。
如果继发脓肿形成并向脐部破溃，可留取脓液行细菌培养，根据相应结果选择合适的抗生素，如果囊肿较大导致压迫胃肠道有排便症状存在时，可以服用通便的药物治疗。