治疗上分为非手术治疗和手术治疗。（一）非手术治疗方面适用于肛周脓肿处炎症浸润期而且尚未形成脓肿者，主要治疗措施如下：1，抗生素治疗：原则上应该根据致病菌的药敏试验选用合适的抗生素，但在药敏试验结果出来前，可以根据经验选用对革兰阴性杆菌有效的抗生素。2，温水坐浴。3，局部理疗及积极治疗小儿腹泻，同时保持排便通畅。
（二）手术治疗：脓肿切开引流是治疗小儿肛周脓肿的主要方法，脓肿一旦形成即应该及时切开引流。