毛囊炎和硬下疳在区分方法上可以通过肉眼观察皮肤表面的形态，也可以通过患者的自身感觉和实验室检测结果来进行。
毛囊炎本身是细菌感染之后形成，一般皮肤表面会形成红色的突起性改变，表面会形成白色的脓头。而硬下疳则是因为梅毒螺旋体感染人体之后，导致的一种性传播疾病，是梅毒的一期症状，皮肤表面会形成没有疼痛的软骨样溃疡。
而从患者的主观感觉上，毛囊炎可能会伴随着按压性疼痛，而硬下疳则没有明显的疼痛感。从实验室检测结果，毛囊炎患者的梅毒螺旋体检测是阴性，而硬下疳患者的梅毒螺旋体检测呈现阳性。