病毒性心肌炎大多数病程有自限性，经过积极的治疗，多数能够完全治愈。经过治愈后的病毒性心肌炎，其心脏功能可以完全恢复正常，对以后是没有影响的。
有少部分的病毒性心肌炎，在急性期不能得到治愈，逐渐地转为慢性，这种慢性病毒性心肌炎对患者的预后是有明显影响的。
慢性心肌炎将持续存在，而且病情会逐渐的进展，逐渐发展为扩张型心肌病，导致心脏逐渐扩大、心肌收缩力下降，引起各种心律失常的发生。有时还会引起血栓栓塞的临床并发症，甚至引起患者出现猝死。