先天性巨结肠如果想要彻底治愈，吃什么药都是无效的，只有通过手术治疗才能治愈。
吃药的目的主要是缓解便秘的症状，也就是所谓的术前保守治疗。常需要使用一些导泻药，如乳果糖、甘露醇液以及番泻叶和少量大黄泡水喝，但使用这些药物时一定要在医生指导下进行。便秘严重时选择开塞露、灌肠剂，来刺激促进排便。
先天性巨结肠的患儿，一般在生后2个月左右开始出现并发症，当引起小肠结肠炎时要口服或静脉应用抗生素等药。引起肠穿孔时，要及时进行手术治疗。引起继发感染时，如败血症、肺炎等疾病时，更需加强抗感染治疗，同时需要对症治疗。