肾囊肿对人体的危害要看肾囊肿的严重程度。如果是单独的肾囊肿，大多数对人体的危害比较小。肾囊肿会保持长期的稳定，不会出现明显的变化。
少数人的肾囊肿可以出现快速的生长，会破坏周围的肾组织，患者可以发生肾梗阻，导致肾积水。部分患者可以出现肾功能的损伤，如果能够及时治疗，很少造成严重的危害。
如果是多囊肾，对人体的危害相对较大。主要是疾病的晚期会导致大量的肾组织破坏，患者可以发生尿毒症，严重影响患者的生活质量和生存时间。