肺泡蛋白沉积症的患者，可以进行洗肺治疗。
在患者出现动脉血氧分压低于65mmHg，肺内分流大于等于10%，肺泡动脉氧分压差大于40mmHg。患者出现严重的缺氧表现，并且在进行影像学检查时有明确的指针可以进行全肺灌洗治疗，也可以在支气管镜下进行分次肺段灌洗治疗。
在患者进行药物保守治疗效果欠佳或者肺灌洗治疗，以及其他治疗方法无效的情况下，可以进行肺脏移植手术治疗。如果患者的病情比较轻，没有明显的症状体征，部分患者在进行有效的保养以后可能会自愈。