肛瘘手术后的恢复时间与肛瘘的位置、复杂程度以及个人体质相关，一般是在30天左右。
肛瘘的手术方式有肛瘘切开术，适合于皮下和黏膜下瘘；肛瘘剔管术适合于直管瘘；肛瘘改道压垫术，需要以小切口改变瘘道，不全程切开瘘道，疗程较长，结合中药脱管的基础上，使瘘管黏连封闭；还有肛管带蒂皮瓣移植术，适合窦道深而宽大或者多次手术未愈的病症。
局部遗留大面积瘢痕组织，以及外口密集的患者，处理繁琐，治疗时间较长，恢复时间可能达几个月。