尿道下裂有可能会导致不孕不育，特别是阴茎根型和会阴型的尿道下裂。即使能够完成性交，但是高潮射出的精液，不能进入阴道，双方生殖细胞不能有效结合，从而会导致不孕不育。
需要泌尿外科，根据尿道下裂畸形的类型以及严重程度，制定适宜的矫形手术处理。最大限度的恢复排尿，保持输精管道通畅，促使精液射入阴道。既可以改善外观，也能够避免不孕不育现象发生。
龟头型尿道下裂，通常不会影响生育，只是外观呈现尿道开口位置的异常。但是不影响性交，也不影响精液射入阴道。所以龟头型的尿道下裂，通常不会出现不孕不育现象的发生。